Services for isolation of
DNA/RNA/Protein

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Genome Analysis Services

· Genome Analysis Services

Genome Analysis Services is a next-generation genome analysis service that provides sequencing and analysis of the entire genome.

We provide services for whole genome, exome, transcriptome based on our experiences in analyzing genome analysis project.

Analysis Services Post Results Inter-Data Network (BMAP) Analysis Services Animal Model Analysis Services are all available.

Genome Analysis Services는 게놈 전체를 서열 해독과 분석을 제공하는 차세대 유전체 분석 서비스입니다.

(주)피디젠에서는 유전체 분석 과제 사업 분석 경험을 바탕으로 전장유전체(Whole genome), 엑솜(Exome), 전사체(Transcriptome)에 대한 서비스를 제공합니다.

분석 서비스 이후 결과 테이터 간 네트워크 (BMAP) 분석 서비스 동물모델 분석 서비스까지 모두 가능합니다.



· 전장 유전체 시퀀싱 (Whole Genome Sequencing)

Overview

Whole Genome Sequencing (WGS) is a sequencing-based approach to determining the entire genome of an organism. It provides the most comprehensive information about individual genetic variations, providing sequence information for chromosomes and mitochondrial DNA. It is the preferred way to track disease outbreaks, study gene mutations related to disease, and develop evolutionary genetics. Analysis of full-field genomic sequencing data in personalized care will be an important tool.

전장 유전체 시퀀싱(WGS)은 유기체의 전체 게놈을 결정하기 위한 시퀀싱 기반 접근 방식으로 개개인의 유전적 변이에 대한 가장 종합적인 정보로 염색체 및 미토콘드리아 DNA에 대한 염기 서열 정보를 제공합니다. 질병 발생을 추적하고, 질병에 관련된 유전자 돌연변이를 연구하고, 진화 유전학을 발전시키는 데 선호되는 방법입니다. 개인 맞춤형 의료에 있어 전장 유전체 시퀀싱 데이터 분석은 중요한 수단이 될 것입니다.

Applications

·Variant calling of SNPs, insertions, deletions, inversions, rearrangements and copy number variations
·Discovery of potential causative variants
·Annotation of genes in whole genome sequencing
·Comparative analysis at the genome level

Workflow

1. Data filtering
2. Statistics of mapping
3. Detection of SNVs and Indels
4. Detection of CNV and SV
5. Annotation of the resulting SNVs and Indels
6. Summary of result data

The first step in WGS is random fragmentation of genomic DNA. While preparing the library, attach the specific adapter to the DNA fragment and sequence the DNA library. Depending on the technology, sequencing reads of different lengths are generated. The readout then aligns to the reference genome and extracts SNPs, Indels mutations.

WGS의 첫 번째 단계는 게놈 DNA를 무작위로 단편화하는 것입니다. 라이브러리를 준비하는 동안 특정 어댑터를 DNA 단편에 연결하고 DNA 라이브러리를 시퀀싱합니다. 기술에 따라 서로 다른 길이의 시퀀싱 읽기가 생성됩니다. 판독은 그 다음에 참조 게놈에 정렬하고 SNPs, Indels 변이를 추출합니다.

· 엑솜 시퀀싱 (Whole Exome Sequencing)

Overview

Exome Sequencing is used to efficiently detect single nucleotide variation (SNV) in a wide range of applications targeting the encoded portion of the protein. This analysis can focus on genetic diseases, cancer studies as well as genetic variants such as Complex genetic diseases. Full-length genome analysis Generates less data than data, which is easier to manage, and has advantages in terms of processing time and cost, which will have a major impact on medicine.

엑솜 시퀀싱(Exome Sequencing)은 단백질의 암호화되는 부분을 타겟으로 광범위한 응용 분야에서 단일 뉴클레오티드 변이(SNV)를 효율적으로 탐지하는데 사용됩니다. 이러한 분석은 유전 질병, 암 연구뿐만 아니라 Complex 유전질환과 같은 의귀 유전변이체에 집중 할 수 있습니다. 전장 유전체 분석 보다 적은 양의 데이터를 생성하므로 데이터관리가 용이하며, 처리시간 및 비용 측면에서도 이점이 있어 의학분야에 주된 영향을 미칠 것 입니다.

Applications

·Exome variants and mutations in protein-coding regions
·Obtain in-depth coverage of exons
·Focus on the genes most likely to be involved in phenotype-affecting mutations
·Investigate rare variants  and determine the variations of all coding regions without bias 
·Reduce resources in data processing, management and analysis

Workflow

1. Data filtering
2. Exome capture
3. Statistics of mapping
4. Detection of SNVs and Indels
5. Annotation of the resulting SNVs and Indels
6. Summary of result data

By sequencing based on Illunina technology, applying target capture accurately and using the multiplex option, you can reduce processing time by processing large amounts of samples in parallel.

Illunina 기술을 기반으로 시퀀싱을 하여 타겟 캡처를 정확하게 적용하고 멀티 플렉스 옵션을 사용하여, 많은 양의 샘플을 병렬처리로 처리시간이 줄일수 있습니다.

· 전사체 시퀀싱 (RNA Sequencing)

Overview

Transcriptome sequencing / RNA sequencing is a next-generation genomic sequencing (NGS) -based approach that profiles and analyzes RNA. A transcript is a collection of all the RNAs present in a cell or cell population. Depending on the specific conditions and stage of initiation, the level of RNA expression varies. Transcript sequencing can be used to analyze Differential Expression Gene (DEG) and RNA profiling of allele specific gene expression, and to study splicing patterns, splicing variants, gene isoforms, single nucleotide polymorphisms, and post transcriptional modification.

전사체 시퀀싱(Transcriptome sequencing / RNA sequencing)은 RNA를 프로파일하고 분석하는 차세대 유전체 시퀀싱(NGS) 기반 접근 방식입니다. 전사체는 세포 또는 세포군에 존재하는 모둔 RNA의 모음으로 특정조건이나 발단 단계에 따라 RNA 발현수준이 다양합니다. 전사체 시퀀싱은 Differentially Expression Gene(DEG)의 분석과 allele specific gene expression의 RNA 프로파일링이 가능하며, splicing pattern, splicing variants, gene isoforms, single nucleotide polymorphisms, post transcriptional modification을 연구하는데 사용됩니다.

Applications

·Digital gene expression (DGE) analysis – sensitive quantification of gene expression levels and transcriptional activity
·Identification of both known and novel transcripts
·Discovery of novel genes and isoforms
·Complete view of the entire transcriptome

Workflow

1. Data filtering
2. Assessment of sequencing
3. Gene expression and annotation
4. Gene expression difference analysis
5. Identification of alternative spliced transcripts
6. Summary of result data

RNA-seq generates large cDNA amplifications and sizes of selected cDNA libraries by reverse transcribing isolated RNA into full-length cDNA.

RNA-seq은 분리된 RNA를 전장 cDNA로 역전사시키는 방법으로 대규모 cDNA 증폭 및 선택된 cDNA 라이브러리의 크기를 생성합니다.

BMAP

· BMAP Service (BioMedical interAction Portal)

Overview

BioKnowledgeViewer is a data mining tool that allows researchers to navigate information on biological phenomena by utilizing data from NCBI Pubmed and visualizing each biological interaction information through data mining. You can extract details of the life phenomenon by using the abstract information of the thesis in real time using only the keywords of disease genes, proteins, and drugs desired by the researchers. In particular, data mining results can be viewed as graphs in a network form, which allows the user to view various control functions at a glance, as well as create and manage an integrated signaling network that the researcher desires.

BioKnowledgeViewer 는 NCBI Pubmed의 정보를 활용하여 각각의 생물학적 상호작용정보를 데이터 마이닝을 통해 가시화함으로써 연구자가 원하는 항목의 생물학적 현상의 정보를 네비게이션 할 수 있는 데이터마이닝도구입니다. 연구자가 원하는 질병관련 유전자,단백질,약물에 대한 키워드만을 이용해서 실시간으로 논문의 초록정보를 활용하여 연관성을 생명현상의 세부 정보를 추출하여 볼 수 있습니다. 특히 데이터 마이닝 결과를 네트워크 형태의 그래프로 볼 수 있으며, 이를 통해 다양한 조절기작을 한 눈에 파악할 수 있을 뿐만 아니라 연구자가 원하는 통합적인 신호전달 네트워크를 생성하셔서 관리하실 수 있습니다.

Applications

·Pubmed 문헌자료를 기반으로 생물학적 상호작용에 대한 데이터 마이닝
·Metamap, Abner등 생물학적 객체명에 대한 정보 추출
·룰 기반 관계 추출기술을 통한 상호작용 정보 추출
·생물학적 상호작용에 대한 마이닝 결과를 네트워크 형태로 가시화함
·사용자가 직접 사진이 원하는 주제에 대한 마이닝을 수행 할 수 있음

Workflow

1. Input of gene, drug information, etc.
2. Select network additional data
3. Pubmed article selection
4. Group analysis by year
5. Save the result data

1. 유전자,약물정보 등 Query 입력
2. 네트워크 추가 데이터 선택
3. Pubmed 논문 선택
4. 년도별 데이터 분석 그룹핑
5. 결과데이터 저장

Kinase profiling Services

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Primary Cell Culturing Services

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Primary Cancer Cell Culturing Services

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Cell/Tissue Banking Services

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Machine Learning

The cognitive analytics solution
(Machine learning & Deep-learning)

인지 분석 솔루션(The cognitive analytics solution)은 조기 진단을 통해 예방 건강 지향과 재발 및 전이 예측 맞춤형 의료 분석 서비스로 개인화되고 예방적인 환자 치료의 개념 실현이 궁극적인 목표입니다. 선행 분석과 임상정보들의 데이터 마아닝, 기계학습, 딥러닝 학습을 통해 사전에 병의 미세한 증상을감지하고 예방조치를 적용하여 건강 지향 예방 건강 관리 개념을 실현하려 합니다.

The cognitive analytics solution is the ultimate goal of personalized and preventive patient care with early diagnosis and prevention health orientation and relapse and metastasis prediction customized medical analysis services. Through the data analysis of preliminary analysis and clinical information, machine learning, and deep learning, we try to realize the concept of health-oriented preventive health care by detecting the minute symptoms of disease and applying preventive measures.

Xenograph Model Service

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